截至收盘，沪指跌0.13%报3041.2点，深成指涨0.18%报10919.44点，创业板指涨0.83%报2333点。
9月29日，两市股指高开高走，盘中发力拉升，沪指一度涨约1%，创业板指涨近2%；但随后沪指在地产、酿酒、金融等板块的拖累下震荡下探，午后翻绿，深成指、创业板指涨幅收窄；两市成交额再度萎缩，续创阶段新低；北向资金净买入超30亿元。
盘面上，医药相关板块全线走强，医疗器械、CRO等细分方向领涨，理邦仪器、惠泰医疗、澳华内镜等多股涨超10%。煤炭股震荡反弹，淮北矿业、恒源煤电、潞安环能等涨超5%。下跌方面，房地产板块陷入调整，中迪投资、天房发展、新华联。今日指数盘中回落使得炸板个股明显增多，两市炸板率近50%，盘中一度达到60%。
总体上个股跌多涨少，两市超3100只个股下跌。板块方面，厨卫电器、燃气、银行等板块涨幅居前，小金属、钠离子电池、TOPCON电池、航空发动机等板块跌幅居前。
